植物园设计以“生态留白、文脉赓续”为理念，基于自然环境与人文遗存，构建了“一径一脉”的建设策略。

“自然之径”以展现天目山生境与特色生物资源为主，更新原有土埂林道，附以悬空栈桥、曲折甬道等对场地扰动较小的游步道，消解场地高差，并串联各专类园，构建以植物演化历程为特色的研学考察路线。专类园内经过生境优化，保护性移栽了天目朴树、天目铁角蕨等以“天目”命名的特有植物，以打造天目特色种质资源库和“基因地标”。

“历史文脉”充分彰显场地红色记忆与禅源底蕴，挖掘浙大西迁、天目禅源等场地历史记忆、人文底色，结合原有天目古道，串联植物园与天目禅寺，打造周恩来演讲台、西迁纪念碑等文化节点，赓续场地历史文脉。

设计和建设尽力不留“痕迹”，高度融入原生环境，真正践行“生态留白”。作为天目山生态资源的展示窗口，珍稀植物园充分发挥了国家级校外实践教育基地的功能，每年吸引大批学生和科研人员开展自然研学考察活动，实现“保护+研学”的动态平衡，助力天目山成为中国生态基因高地。